[]Wiosną 1940 r., po aresztowaniu przez Gestapo Tadeusza Paudyna, Wacław Krzeptowski przejął jego skonfiskowaną trafikę (sklep tytoniowy) przy Krupówkach, która prowadził do spółki z Józefem Cukrem jako „Tabakverlag”. Z inspiracji Krzeptowskiego i jego otoczenia,
już wiosną 1940 powołano w Zakopanem góralski klub sportowy „Goralische Heimatsdienst” oraz 01.09.1940 r. Niemcy utworzyli góralską szkołę powszechną (Goralische Volkschule) z góralskim językiem wykładowym, mieszczącą się w willi „Szarotka”. Mimo wielkiego nacisku na posyłanie dzieci do tej szkoły, liczyła ona zaledwie 130 uczennic i uczniów.
W 1941 r. Niemcy przywieźli do Zakopanego aresztowanego Wincentego Witosa, którego chcieli zmusić do stworzenia polskiego rządu kolaborującego z Hitlerem. Pomysł był chytry, gdyż Krzeptowski znał dobrze Witosa, pomagał w jego ucieczce za granicę po procesie brzeskim, a podczas jego pobytu na emigracji był jednym z jego kurierów. Wacław Krzeptowski miał się spotkać z Witosem, aby go namówić do tej działalności, lecz Witos stanowczo odmówił wszelkiej współpracy z Niemcami. []
W ostatnich miesiącach okupacji, ze względu na stan techniczny bramę tę rozebrano, co górale przyjęli z pewnym zawodem, gdyż liczyli na to, iż będzie ona miejscem rozliczenia ze zdrajcami; wyśpiewywano przecież góralskiemu „fűhrerowi”:
„Wacek jo se Wacek, kozdy o mnie słysoł,
Jak Niemcy ucieknom, zaroz będę wisioł…”
a komentowano to tak: …”w gaciach bedom wisieli, ino w gaciach. Góralskie portki trza bedzie zdjąć, bo zhańbili góralski naród……[…]
…Na końcu wojny z Niemcami Wacław Krzeptowski podczas rozmów z rodziną, która go napomniała by się opamiętał i wycofał z „Goralenvolku” miał powiedzieć słowa, które mogą śmiało być wykładnikiem jego współpracy: „Nie sztuka umrzeć, sztuka żyć !!!”.
W ten sposób usprawiedliwiał swoje postępowanie. Zwłaszcza w początkowym okresie jego działania część aresztowanych górali wyswobodził z więzień, niektórych uchronił od wywózki czy też kontyngentów, ale korzystała z tego w większości jego rodzina i znajomi. Tragiczna sytuacja majątkowa Wacława Krzeptowskiego była jedną z decydujących z przyczyn, która zadecydowała o pięcioletniej jego kolaboracji z Niemcami.
Jego majątek był zadłużony na dużą sumę 70 tysięcy przedwojennych złotych i na 03.09.1939 r. wyznaczono termin licytacji jego majątku. Ponadto trzeba podkreślić, że podobnie jak H. Szatkowski, W. Krzeptowski bardzo długo, bo aż do lipca 1944 r. wierzył w zwycięstwo Niemiec hitlerowskich w II wojnie światowej. Mimo orientacji w bardzo ciężkiej sytuacji okupowanego Podhala w postaci egzekucji, wywózek na roboty, kontyngenty. We współpracy z hitlerowcami dostrzegał jedynie szansę przetrwania dla siebie i górali.
Nie bez wpływu na jego postawę była potęga militarna Niemiec oraz ich początkowe sukcesy militarne. Klęska armii francuskiej, jednej z najsilniejszych w Europie, była dla W. Krzeptowskiego jak i wszystkich górali wielkim szokiem.
W domu przy ul. Kościeliskiej 50 mieszkali kuzyni Wacława Krzeptowskiego – Stefan i Adam Krzeptowscy. Stefan, chodzący w czasie okupacji, na co dzień po Zakopanem w pełnym stroju góralskim z szerokim pasem bacowskim, korzystał z protekcji Wacława, aby nieźle się urządzić. Przejął skonfiskowany przez okupanta sklep spożywczo-kolonialny Mojżesza Stilla przy ul. Krupówki 31 i prowadził tam sklep spożywczy należący do „Landesgenossenschaft” powiatu Neumarkt (Nowy Targ). Wiosną 1945 r. wraz z sekretarzem i radcą prawnym Komitetu Adamem Trzebunią Niebies został wywieziony z Zakopanego; obaj nigdy już do Zakopanego nie powrócili. Adam Krzeptowski – do 1939 r. działacz oddziału zakopiańskiego Towarzystwa Gimnastycznego „Sokół”, po zajęciu Zakopanego przez Niemców był wykładowcą „języka góralskiego” (Goralische Sprache) w szkole zawodowej „Berufstachschule fűr Goralische Volskunst”. W 1945 r. wyjechał z Zakopanego do Piechowic k/Jeleniej Góry. Prowadzone w jego sprawie śledztwo w latach 1945 oraz 1948-49 uwolniło go od winy i kary…… Brat Wacława Krzeptowskiego – Bolesław przejął po Żydzie Rotterze i prowadził piekarnię przy ul. Nowotarskiej; został zastrzelony przez partyzanta radzieckiego 20 grudnia 1945 r.
Pod koniec okupacji, widząc nadchodzącą klęskę hitlerowskich Niemiec, Wacław Krzeptowski próbuje naprawić swą zdradę; przechodzi na słowacką stronę Tatr i podejmuje próbę wstąpienia do słowackiego oddziału partyzanckiego, ale – wobec rozpoznania go przez polskich łączników – nie przyjęto go. Wraca zatem do Zakopanego, ukrywa się i bezskutecznie próbuje nawiązać kontakt z partyzantami radzieckimi. Wyrokiem podziemnego sądu Polski Walczącej Krzeptowski już w 1942 r. został skazany na karę śmierci.